Ur. się 2 III 1766 r. w Garwolinie w rodzinie Józefa i Elżbiety Puchalskich. Na chrzcie otrzymał dwa imiona Grzegorz Józef. W późniejszym okresie P. używał głównie drugiego imienia, niekiedy także imion Józef Grzegorz, i pod imieniem Józefa wszedł do historii wojsk. służby zdrowia. Rodzice P. przez dłuższy czas mieszkali w Garwolinie. Nie znamy jednak dokładnych dat; wiadomo jednak że już w 1764 r. w Garwolinie urodziło się i zostało ochrzczonych kilku braci i siostra P.: Franciszek, Tomasz, Wojciech Adam, Filip Jakub i Katarzyna Krystyna.
Nie wiemy gdzie P. pobierał pierwsze nauki. Studia medyczne uk. we Włoszech, według jego praprawnuczki, Teresy Bilińskiej, w Padwie. Do kraju P. wrócił przed 1794 r. W czasie Insurekcji Kościuszkowskiej, w której wziął aktywny udział, mianowany został 22 VIII 1794 r. dywizjonalnym sztabschirurgiem w wojsku kor., a nast. naczelnym chirurgiem jednej z armii. Po upadku powstania P. opuścił Polskę i udał się do Francji, gdzie niedługo później rozpoczął służbę przy pontonierach (wojska techniczne zaliczane do korpusu inżynierów) w wojsk. służbie zdrowia rewolucyjnej armii franc. Z jednostką tą wziął udział w kampanii włoskiej (1796-1797) gen. Napoleona Bonaparte, zakończonej zawieszeniem broni w d. 7 IV 1797 r., a nast. pokojem w Campo Formio (17 X 1797 r.).
W 1797 r., po zawarciu układu z Administracją Generalną Republiki Lombardzkiej, gen. dyw. Jan Henryk Dąbrowski zaczął organizować „legiony polskie posiłkujące Lombardię”. Obejmowały one 2 legie i bat. piechoty. P., który służył wówczas w armii franc., w d. 31 VII 1797 r. zgłosił akces do Legionów. 13 VIII akces ten zaakceptował gen. J. H. Dąbrowski. Mimo to P. w dalszym ciągu pozostał w armii franc. Prawdopodobnie jej d-dztwo biorąc pod uwagę niezbyt liczną służbę zdrowia własnej, rozbudowanej liczebnie i ciągle zagrożonej z zewnątrz armii nie chciało pozbywać się doświadczonego lekarza i to lekarza pełniącego służbę ochotniczą. Sprawa przejścia P. do Legionów wypłynęła ponownie dwa l. później, w 1799 r. W d. 6 i 8 IX 1799 r. rząd franc. wyraził zgodę na formowanie Legii Naddunajskiej, w składzie 4 bat. piechoty lekkiej, 4 szw. jazdy lekkiej i 1 komp. artylerii konnej, ogółem w sile 5970 ludzi. Wkrótce gen. bryg. Karol Kniaziewicz rozpoczął prace organizacyjne, a 8 XI zwrócił się do Rady Doktorów z prośbą o przeniesienie dr P. z armii franc. do formowanej Legii Naddunajskiej, typując go na chirurga mjra jazdy i artylerii lekkiej. Załatwianie formalności znacznie się przedłużyło i dopiero 5 IV 1800 r. P. rozpoczął służbę w Legii jako chirurg mjr 2 klasy na stanowisku zaproponowanym poprzednio przez gen. Kniaziewicza. W składzie Legii wziął udział w kampanii letniej 1800 r. oraz w bitwie pod Hohenlinden w Bawarii w d. 3 XII 1800 r. 8 XI 1800 r., minister wojny zatwierdził P. na stanowisku chirurga mjra kaw. pol.
W XII 1800 r. Francja rozpoczęła rokowania pokojowe z Austrią, zakończone zawarciem pokoju w Luneville w d. 9 II 1801 r., w którym zobowiązała się do niepopierania sprawy pol. Dalsze istnienie Legionów stało się niemożliwe. Niedługo później, Legia Naddunajska została przesunięta na teren Włoch. W XI 1801 r. władze franc. zarządziły reorganizację Legii Włoskiej i Legii Naddunajskiej i podział ich na 3 półbryg. piechoty liniowej wzorowane na franc. i puł. Aleksandra Rożnieckiego, w którym 22 XII 1801 r. P., oficer zdrowia 1 kl. został naczelnym chirurgiem. Niedługo później przeszedł do piechoty.
Po zakończeniu reorganizacji w 1802 r. 1 półbryg. (d-ca płk. Józef Grabiński) i 2 półbryg. (d-ca płk. Wincenty Aksamitowski) oraz pułk jazdy przeszły na żołd Republiki Włoskiej, a 3 półbryg. (d-ca gen. bryg. Władysław Jabłonowski) na żołd Królestwa Etrurii (utworzone 1 X 1800 r.). Postanowienie to spowodowało poważny ferment w 3 półbryg. Francja zareagowała jednak szybko i oporną 3, a nast. 2 półbryg., w której dały się zauważyć silne fermenty i sympatie republikańskie przejęła na swój żołd i wysłała jako 113 i 114 półbryg. na San Domingo do walki z powstańcami murzyńskimi.
Niepewność sytuacji i rozczarowanie jakie ogarnęło pozostałych na terenie Włoch Polaków w 1 półbryg. piechoty liniowej, przeformowanej wkrótce w 1 pp, stworzyło pomyślną atmosferę dla wszelkiego rodzaju akcji nielegalnej, spiskowej. Ośrodkiem ich były zwłaszcza loże wolnomularskie zyskujące wówczas coraz większą popularność. Pod koniec 1803 r. lub na początku 1804 r., dzięki poparciu włoskich czynników narodowo-radykalnych, powstała w 1 pp. loża „L’Union” należąca do Wielkiego Wschodu Mediolańskiego. Wśród ponad 40 jej czł., głównie oficerów, był także „Joseph Puchalski officier de sante au Reg. Pol” (oficer zdrowia).
W l. 1805-1806 P. wziął czynny udział w walkach na terenie Włoch. We IX 1805 r. rozpoczęła się wojna franc.-austriacka. 24 XI 1805 r. P. uczestniczył w walkach z Austriakami pod Castel Franco.
W II 1806 r. jednostki pol. w składzie armii franc. księcia Józefa Bonaparte wkroczyły na teren Królestwa Obojga Sycylii. 15 II skapitulował Neapol, 21 II książę J. Bonaparte ogłosił detronizację Burbonów sycylijskich, którzy schronili się na Sycylię i objął rządy w imieniu Napoleona. 30 III 1806 r. został królem.
W III 1806 r. korpus gen. Jana Reyniera opanował Kalabrię. Niedługo później, 1 VII 1806 r., Anglicy dokonali desantu w zatoce św. Eufemii, a 4 VII pobili Reyniera pod Maidą. Straty piechoty pol. były duże. P. nie wziął udziału w tej bitwie. W d. 30 VI i 1 VII 1806 r. przebywał na kuracji w Amantei i tam został zaskoczony przez powstańców Fra Diavolo ledwo uchodząc z życiem. W tym też czasie stosunki między nim a płk. Grabińskim naprężyły się do tego stopnia, że poprosił ministra wojny o przeniesienie lub dymisję. Nie uzyskał jej jednak i jeszcze w 1807 r. służył w regimencie Grabińskiego jako chirurg mjr.
W X 1806 r. armia franc. pod dowództwem Napoleona rozbiła wojska pruskie i w XI wkroczyła na teren ziem pol. Przebywający wówczas przy Napoleonie, gen. J. H. Dąbrowski i Józef Wybicki wspólnie ułożonymi proklamacjami z Berlina (2 XI) i Poznania (7 XI) wezwali rodaków pod broń. Formujące się wojsko, zgodnie z postanowieniem Napoleona z d. 26 I 1807 r., tworzyło 3 legiony o składzie mieszanym, po 13120 oficerów i żołnierzy każdy. Organizatorami i d-cami Legii byli: 1-szej gen. Józef książę Poniatowski, 2-ej gen. Józef Zajączek i 3-ej gen. Jan Henryk Dąbrowski. Funkcję naczelnego urzędnika zdrowia w 3 Legii objął P. mianowany na to stanowisko 19 I 1808 r. Nieco wcześniej bo 1 X 1807 r. P. odznaczony został Legią Honorową.
W 1809 r. P. uczestniczył w wojnie Ks. Warsz. z Austrią i odznaczył się m.in. w bitwie n. Sanem w d. 12 VI w walkach z korpusem gen. Schauroth’a. P. zwrócił na siebie uwagę. W rozkazie dziennym z d. 14 VI, Szef Sztabu Generalnego, gen. bryg. Stanisław Fiszer pisał m.in. Naczelny urzędnik zdrowia Puchalski (...) opatrywał pod ogniem armatnim rannych żołnierzy naszych, i tak tym nowym dowodem gorliwości potwierdził dawną nabytą sławę.
9 IX 1809 r. P. odznaczony został Krzyżem Kawalerskim, Orderem VM 3 kl. W tym czasie był już dyr. generalnym szpitali. Na to stanowisko mianowany został 24 VII 1809 r., a objął je 19 IX t.r. Według przepisów „Urządzenia szpitalów dla woysk polskich X. Warszawskiego” najwyższy dozór nad szpit. wojsk. sprawował ordonator, wsparty powagą ministra woyny. Podlegał mu dyrektor generalny szpitalów, który kierował całą służbą zdrowia w szpit.
Po klęskach Napoleona w l. 1812-1814 (wyprawa na Rosję, bitwa pod Lipskiem itp.) i jego abdykacji w IV 1814 r. wojsko Ks. Warsz., a z nim i P., wróciło do kraju. 17 IX t.r. został Prezesem Komisji do wyexaminowania wszystkich urzędników zdrowia.
W 1816 r. ukazał się akt, który uregulował status osób pracujących w wojsk. służbie zdrowia. Według §5 wspomnianego aktu, pracujący w niej lekarze, uważani dotychczas nie za wojsk., a za cywilów pozostających w służbie w wojsku, zostali asymilowani tj. przyrównani do stopni wojsk. I tak naczelnik wydziału lekarskiego do stopnia płk., doktor dywizyjny do ppłk., sztabslekarz do mjr., lekarz do kpt. i podlekarz do ppor.
P. pełniący wówczas stanowisko inspektora generalnego szpitalów otrzymał stopień płk. WP i niedługo później zakończył służbę wojsk. Osiedlił się wówczas na terenie Kaliskiego. 28 III 1822 r. wymieniony był jako zastawny posiadacz dóbr Zakrzew i właściciel sumy 66 tys. złp. na tychrze dobrach. Sześć l. później, 26 III 1828 r. nabył te dobra na wyłączną i nieograniczoną własność. W 1830 r. stał się właścicielem tzw. Pałacu Puchalskich w Kaliszu (obecnie nazywany Pałacem Pułaskich).
P. znał dobrze język franc. i włoski. Poznał je prawdopodobnie w czasie studiów i w czasie służby w armii franc. i na terenie Włoch.
Był dwukrotnie żonaty, pierwszy raz z Anną z Kozłowskich z którą się rozwiódł i po raz drugi z Teresą de Kuno (Couno). Z pierwszego małż. miał c. Teofilę, z drugiego trzech s.: Józefa (ur. 1821 r.), Wincentego (ur. 1826 r.) i Tomasza (ur. 10 XII 1827 r.). Zm. w Kaliszu 5 III 1833 r. i został pochowany na miejscowym cm. Teresa de Kuno zm. 23 II 1855 r., w Kaliszu w wieku 59 l. (ur. się w 1796 r.); była młodsza od męża o 30 l.
Giedroyć F., Służba zdrowia w dawnem Wojsku Polskim, W. 1927, s. 21-22, 24, 492; Mościcki H., Z dziejów masonerii w Legiach polsko-włoskich, „Kwartalnik Historyczny” t. 52, z. 1, 1938 r., s. 34-38; Pachoński J., Legiony Polskie, W. 1969 r., s. 345-346.; t. 3. s. 141, 332, 626; Pachoński J., Józef Grabiński generał polski, francuski i włoski, naczelny wódz powstania bolońskiego 1831 roku, Kr. 1975, s. 187-188; Gnat-Wieteska Z., W służbie Eskulapa i Marsa. Józef Puchalski, pułkownik, lekarz służby zdrowia Wojska Polskiego, (w:) Na wojnie i w szlacheckim dworku (zbiór studiów i materiałów przygotowanych przez przyjaciół i współpracowników prof. Marka Plewczyńskiego), S. 2016, s. 119-126.; Księga metryk kościelnych urodzenia parafii Garwolińskiej (1763-1776), Akt nr 272. Garwolin anno 1766 d. 15 martij. tamże. Akt nr 563, 30 marca 1768 r.; Akt nr 783, 17 grudnia 1769 r.; Akt nr 946, 11 kwietnia 1771 r.; Akt nr 1169, 15 maja 1773 r.; Akt nr 1461, 20 października 1774 r.; „Dodatek do Gazety Warszawskiej” Nr 8, 26 I 1808 r.; Nr 49, 20 VI 1809 r.; Nr 74, 16 IX 1809 r.; Nr 76, 20 IX 1814 r.; List Władysława Kaczyńskiego z 1976 r.; Akta powstania Kościuszki, W. 1956 r., t.3, s. 102.
(autor Zbigniew GNAT-WIETESKA)